1992 októberében a szlovák fél egyoldalúan üzembe helyezte a Bősi vízlépcsőt az ún. C változat létesítményeit. Azóta a Duna folyam főmedrében csak annyi víz érkezik, amit a szlovák fél át ad.
A Dévény felől érkező víz jelentős része a bősi erőművön keresztül folyik le, az Öreg-Duna medrébe átadott vízhozam töredéke a folyó természetes vízhozamának. Ennek következtében 1992 októberében a szigetközi mellékágakból azonnal „kiszaladt” a víz, a mellékágrendszerek kiszáradtak.
A probléma ideiglenes kezelésére a Duna folyam 1847- 1817,5 fkm közötti szakaszára megszületett a Felső-szigetközi hullámtéri vízpótlórendszer terve. A kiviteli munkák hamarosan, már 1993-ban meg is kezdődtek.
A mellékágrendszerek alsó végeit ideiglenes ágvéglezárásokkal (Görgetegi, Doborgazi, Denkpáli, Kisbodaki, és a Dunaremetei) elválasztották a főmedertől. Azokon a helyeken ahol az egymás felett elhelyezkedő ágrendszerek nem, vagy nem megfelelően kapcsolódtak egymáshoz, mesterséges átvágásokkal (Doborgazi, Nyárasi, Bodaki, és a Dunaremetei) új medreket képeztek az összeköttetések megteremtése érdekében.
A vízpótlórendszer létesítésének fő célja, hogy a mellékágrendszerekben a referencia időszak, az 1950-es évek dinamikus vízjárását szimulálják. Ehhez a vízpótlórendszerben, vízszintszabályozó és hossz menti átjárhatóságot biztosító funkcióval számtalan vízszintszabályozó kőmű, és vízszintszabályozó vb. műtárgy (Pl: a Kőhíd, a Szent Kristóf híd, a Halrekesztői műtárgy) épült. A fokozottan védett természetvédelmi területek különös gondot igényeltek. Ennek megfelelően vízpótlási szempontból prioritást élvez az ásványi Öntés-tó vízpótlása.
A hullámtéri vízpótlással biztosított vízkészlet mentett oldal irányában történő vízkivételi lehetőségét a Dunaremetei zsilip kiépítésével tették lehetővé.
1995 májusában, a Duna folyam főmeder 1843 fkm-ében egy meglévő gázlóküszöbnél épült meg a Dunakiliti fenékküszöb, amely mellette lévő mederátvágásban megépített Dunakiliti duzzasztómű segítségével megemeli a felette lévő folyószakasz vízszintjét. Így lehetővé válik, hogy a főmederben érkező vízmennyiség egy részét a hullámtéri mellékágrendszerek legfelső végében kibontott, a Duna folyam 1846,9, az 1845,9 és az 1845,4 fkm-ben kibontott és stabilizált töltőbukókon keresztül kivezessék a hullámtérre. A kivezetett víz mennyiségének szabályozását a Dunakiliti duzzasztómű felvízszintjének a szabályozásával, a szegmens elzárótáblák a részleges nyitásával és fojtásával lehet szabályozni.